序针灸资生经第一偃伏头部中行十穴偃伏第二行左右十四穴偃伏第三行左右十二穴侧头部左右二十六穴正面部中行六穴面第二行左右十穴面第三行左右十穴面第四行左右十穴侧面部左右十四穴（更二穴）肩膊部左右二十六穴背俞
《汤液本草》序一《汤液本草》序二《汤液本草》后序卷之一五脏苦欲补泻药味脏腑泻火药东垣先生药类法象用药法象药性要旨气味浓薄寒热阴阳升降图（缺）升降者天地之气交用药升降浮沉补泻法五味所用药类法象标本阴阳论
自序祝序一·辨诊脉大法二·辨浮脉所统有十三·辨沉脉所统有五四·辨迟脉所统有五五·辨数脉所统有二六·辨滑脉所统有一七·辨涩脉八·辨肺大肠脉九·辨心小肠脉十·辨脾胃脉十一·辨肝胆脉十二·辨肾膀胱脉十三·辨
序卷上辨阴证阳证辨脉辨寒热辨外感八风之邪辨手心手背辨口鼻辨气少气盛辨头痛辨筋骨四肢辨外伤不恶食辨渴与不渴辨劳役受病表虚不作表实治之辨证与中热颇相似卷中饮食劳倦论补中益气汤立方本指朱砂安神丸四时用药加减
仁端录
黄庭内景五藏六府图
孙序卷一三吴治验万历龙飞二年吴小峰小川目疾万历甲戌沈中丞案张孝廉后渠大头疫吴江孙行人痛风（有发明）郑都谏公子痘（有发明）张文学子心病虚弱（有发明）大宗伯董浔阳翁脾胃疾（有发明）董龙山夫人便血马厨疟痢并
序论痘疹受病之由论痘疹治法类集痘疹已效名方附方附：
卷一经候门经闭痛经潮热、蒸热、寒热鼻衄带下崩漏阴肿门卷二种子门卷三胎前门恶阻胎动不安漏胎心腹胀满
伤寒心境别集